Hacienda acumula una derrota tras otra en los tribunales cuando intenta bloquear las deducciones fiscales por actividades I+D+I. La última es una sentencia de la Audiencia Nacional, a la que ha tenido acceso El Confidencial, que cierra la única baza jurídica que le quedaba a la Agencia Tributaria (AEAT) para cuestionar proyectos ya aprobados por el Ministerio de Ciencia. El fallo delimita con claridad el terreno de juego del conflicto entre Hacienda y los entes innovadores. Si una empresa tiene un informe motivado vinculante (IMV) del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, la inspección de Hacienda no puede entrar a debatir si el proyecto es o no innovación tecnológica. Solo puede revisar los gastos.
El origen del conflicto: Hacienda frente a Ciencia e Innovación
El enfrentamiento entre la AEAT y el Ministerio de Ciencia se remonta a tiempo atrás. Durante años, las empresas que desarrollaban proyectos de software y aplicaciones informáticas obtenían un Informe Motivado Vinculante (IMV) del Ministerio de Ciencia. Este documento certificaba que sus actividades constituían innovación tecnológica y les daban derecho a aplicar la deducción en el Impuesto sobre Sociedades. Sin embargo, la Agencia Tributaria contraatacaba con informes propios elaborados por su Equipo de Apoyo Informático (EAI) que cuestionaban el IMV negando ese contenido tecnológico y, con él, el derecho a la deducción.
La paradoja era evidente. Una parte de la Administración certificaba que un proyecto era innovación tecnológica, y otra parte de esa misma Administración lo negaba. Las empresas quedaban atrapadas en medio, obligadas a litigar para defender una deducción que tenían documentada y avalada por el organismo competente. Un clima de inseguridad jurídica que daña gravemente al ecosistema innovador.
La Audiencia Nacional, a favor de Hacienda en 2022
El primer gran episodio de esta batalla judicial se produjo entre noviembre y diciembre de 2022. En aquel entonces, la Audiencia Nacional publicó un conjunto de sentencias que dieron la razón a Hacienda. Los magistrados concluyeron que los gastos derivados del desarrollo de software y aplicaciones informáticas no podían deducirse, respaldando así los informes internos de la AEAT frente a los dictámenes vinculantes del Ministerio de Ciencia. Fue un golpe duro para las empresas innovadoras ya que el tribunal había validado la práctica de la inspección tributaria de desautorizar al propio Ministerio competente.
Giro de 180 grados del Tribunal Supremo en 2024
La respuesta no se hizo esperar. Varias empresas recurrieron en casación y el Tribunal Supremo admitió los recursos para crear jurisprudencia sobre una cuestión que afectaba a miles de compañías. El resultado llegó en tres sentencias dictadas el 8 y 9 de octubre de 2024 (recursos 948/2023, 1633/2023 y 1635/2023), que supusieron un cambio de rumbo radical.
El Supremo anuló las sentencias de la Audiencia Nacional y reconoció a las empresas el derecho a las deducciones que habían solicitado. La argumentación fue contundente: un dictamen del Ministerio de Ciencia que la ley considera vinculante no puede ser refutado por informes internos de la propia AEAT. El argumento es que Hacienda es un órgano sin los conocimientos técnicos necesarios para calificar proyectos tecnológicos. «Nada puede ser y no ser al mismo tiempo», razonó el Alto Tribunal ante las interpretaciones opuestas de la AEAT y del Ministerio de Ciencia e Innovación.
Las sentencias precisaron además que las facultades de comprobación de la AEAT quedan limitadas a verificar la realidad de los gastos, su adecuado reflejo contable y su vinculación efectiva con los proyectos evaluados. La calificación técnica, en cambio, es competencia exclusiva del Ministerio de Ciencia.
El resquicio que quedaba: los ejercicios desde 2015
La victoria de octubre de 2024 dejó, sin embargo, un resquicio que la AEAT no dudó en aprovechar. Las tres sentencias del Supremo analizaban casos bajo el Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades de 2004. Un texto vigente hasta finales de 2014. Pues bien, para los ejercicios a partir del 1 de enero de 2015, rige la Ley 27/2014. Fue entonces cuando el Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC) decidió mantener su criterio restrictivo. Según el TEAC, bajo la ley actual el informe motivado solo vincula a Hacienda en la calificación del proyecto, pero no en la cuantificación de los gastos e inversiones. En otras palabras, Hacienda podría seguir atacando la base económica de la deducción para los ejercicios más recientes. Desde entonces, la AEAT acusa a los operadores I+D+I de simulación.
La nueva sentencia de la Audiencia Nacional: el cierre definitivo
Aquí donde entra en juego la nueva sentencia de la Audiencia Nacional. El fallo, según publica El Confidencial, extiende la doctrina del Tribunal Supremo a los ejercicios desde 2015. Se cierra así el resquicio que el TEAC había mantenido abierto. La Audiencia aplica el principio de respeto a los actos propios de la Administración. Esto quiere decir que si el Ministerio de Ciencia ha dado el visto bueno a un proyecto, ningún otro órgano de esa misma Administración puede contradecirlo. De tal forma, la Agencia Tributaria no puede revisar los conceptos y actividades de los proyectos que han sido reconocidos como innovación tecnológica y objeto de deducciones fiscales.
La sentencia reconoce que Hacienda conserva sus facultades inspectoras, pero las delimita. La AEAT puede comprobar la trazabilidad de los pagos, su correcta imputación contable y la vinculación efectiva de los gastos con los proyectos. Lo que no puede hacer es entrar a cuestionar si el proyecto tiene o no contenido tecnológico suficiente para merecer la deducción. Esa vía queda cerrada.
La Audiencia ordena además a la AEAT que devuelva a la empresa el importe de la deducción que no le permitió aplicar, aunque la sentencia es recurrible en casación. Si Hacienda decide llevarla al Supremo, este tendría ocasión de pronunciarse expresamente sobre los ejercicios post-2015 y dar aún más solidez a la doctrina. La realidad es que el daño ya está hecho. Muchas empresas que se sirvieron de las Agrupaciones de Interés Económico para financiarse fueron sancionadas tan desproporcionadamente que no tuvieron más remedio que echar el cierre.
La reorientación de las inspecciones de la AEAT
El efecto práctico de esta evolución jurisprudencial es significativo. Las empresas que cuenten con un IMV del Ministerio de Ciencia pueden aplicar sus deducciones por I+D+I con cierta seguridad jurídica que hace dos años no existía, al menos desde el punto de vista de la calificación técnica de sus proyectos. Ahora bien, la victoria de las empresas innovadoras no es total. La AEAT ha reorientado su actividad inspectora hacia el control económico de los proyectos. La trazabilidad del gasto, la correcta imputación del personal, la justificación de los recursos empleados y la vinculación real de cada partida con las actividades declaradas son ahora el campo de batalla real entre las compañías y Hacienda.
En conclusión, el IMV ya no es un escudo de papel, sino una protección real (al menos en la calificación) frente a la inspección que antes se permitía cuestionar la totalidad del proyecto. Sin embargo, la batalla con Hacienda continuará en el ámbito del margen comercial de los proyectos y en la justificación de los gastos deducible. Recordemos que la AEAT no admite margen comercial, solo el coste directo. Su argumento es que debe ser equivalente con el mecanismo de monetización previsto en el artículo 39.2 de la Ley 27/2014, de 27 de noviembre, del Impuesto sobre Sociedades. Así, Hacienda califica como facturación simulada a toda aquello que exceda estos costes directos.
